Der zum Einsatz kommende Dreizylinder-Motor mit 890 Kubikzentimetern Hubraum bleibt unverändert. Er leistet 119 PS (88 kW) und liefert 93 Newtonmeter Drehmoment. Angepasst wurde jedoch der Zündzeitpunkt. Zudem modifizierten die Ingenieure das Mapping der Einspritzanlage sowie die Endübersetzung. Die überabeiteten Winglets, direkt unter dem Scheinwerfer platziert, sollen helfen, den Auftrieb und den Anpressdruck zu verbessern. Der Rahmen wurde versteift und bringt dank gefräster Löcher 9,7 Kilogramm weniger auf die Waage, das Bike kommt vollgetankt auf 195 Kilogramm. Die Federelemente wurden neu entwickelt und lassen sich nun voll einstellen, ebenso wie der Quickshifter, bei dem zwei Sensibilitätsstufen zur Verfügung stehen. Das Fünf-Zoll-TFT-Farbdisplay hält vier unterschiedliche Grafikthemen bereit.
Die Yamaha R9 kostet 13.749 Euro und kann in den Farben Icon Blue und Tech Black geordert werden. Eine gedrosselte 35 kW-Version kostet 500 Euro weniger.
